Indeling van de reptielen aan de hand van slaapvensters
Reptielenschedels hebben in hun schedel achter de oogkassen zogenaamde slaapvensters. Deze openingen in de schedel geven ruimte aan de zwellende kaakspieren en zorgen voor een lichte, maar sterke constructie van de schedel. Slaapvensters spelen een belangrijke rol in het onderscheiden van de hoofdgroepen van de verschillende reptielen. De verschillende groepen hebben namelijk verschillende aantallen slaapvensters en verschillende posities van deze openingen.
Het meest primitieve type vinden we in de Anapsida (an = zonder; apsis = [juk]boog). De schedels van deze reptielen hebben geen jukboog dus ook geen slaapvenster. Dit type schedel komt voor bij de oudst bekende reptielen, de Cotylosauria. Schildpadden hebben ook een anapsiede schedel, maar mogelijk is deze schedel ontstaan doordat een voorouder in de loop van de evolutie zijn slaapvensters verloor.
Synapsida
De Synapsida ontstonden al in het Carboon (360-290 miljoen jaar geleden) uit de Anapsida. Deze reptielen hebben een laaggelegen slaapvenster. Tijdens het Perm en een groot deel van het Trias waren de Synapsida de dominante landvertebraten.
Het is de groep waarin zich de zoogdierachtige reptielen ontwikkelen van waaruit aan het eind van het Trias de eerste zoogdieren ontstaan. Eén van de bekendste Synapsida is Dimetrodon. Dit roofdier droeg op zijn rug een groot zeil, en wordt daarom ook wel de Kamhagedis genoemd. Dat zeil, dat we ook bij andere Synapsida terugvinden, diende waarschijnlijk als een grote radiator, waarmee de koudbloedige dieren zich snel konden opwarmen. Een andere bekende Synapside is Mesosaurus. Dit zoetwaterreptiel wordt zowel in Zuid-Amerika als in Afrika gevonden, en wordt wel als paleontologisch bewijs voor continental drift gebruikt.
Diapsida
Aan het eind van het Trias verdwijnen vrijwel alle Synapsida. Hun rol wordt overgenomen door de Diapsida (di = twee; apsis = [juk]boog). De schedel van de Diapsida wordt gekenmerkt door twee slaapvensters. Tot deze groep behoren de dinosauriërs en ook de vliegende reptielen, de pterosauriërs.
De dinosauriërs bestonden uit twee groepen van de Diapsida: de Hagedisheupdinosauriërs (Saurischia) en de Vogelheupdinosauriërs (Ornithischia). Weliswaar hadden deze twee groepen een gemeenschappelijke voorouder, maar ze maakten verder een volledig gescheiden ontwikkeling door. Het belangrijkste onderscheid tussen de twee typen dinosauriërs ligt in de bouw van het bekken. De Synapsida waren de eerste vertebraten die het luchtruim veroverden. De belangrijkste vliegers in het Mesozoïcum waren de pterosauriërs. De eerste vogels ontstonden in het Jura uit de dinosauriërs. De meeste recente reptielen hebben de diapsiede schedel. Alleen de schildpadden worden niet tot de Diapsida gerekend.
Zeereptielen
Twee andere schedeltypen vinden we bij de zeereptielen van het Mesozoïcum. De vishagedissen of ichthyosauriërs hadden een parapsiede schedel. Het slaapvenster lag erg hoog. Dit type schedel lijkt sterk op het euryapsiede type, waarbij het slaapvenster door dezelfde botten wordt begrensd als in de parapsiede schedel. Bij de euryapsiede schedel ligt het slaapvenster echter recht achter de oogkas.
Tot de Euryapsida behoren de plesiosauriërs en ook de nothosauriërs, waarvan fossielen in de omgeving van Winsterwijk zijn gevonden. Ichthyosauriërs en plesiosauriërs leefden vooral tijdens het Trias en de Jura. In het Krijt veroverden de Diapsida de zee. De grootste zeereptielen uit die periode zijn de maashagedissen (mosasauriërs), waarvan fossielen gevonden worden in de St. Pietersberg bij Maastricht. Deze reptielen zijn verwant aan de recente varanen.
