Een van de meest zeldzame vogelsoorten van Messel is een primitieve vogel zonder kam op het borstbeen, Palaeotis weigelti. De naam van het geslacht Palaeotis betekent oertrap en die zegt het al: hij is oorspronkelijk beschreven als een trap. Later werd duidelijk dat deze vogel meer gemeen had met de nandoe uit Zuid-Amerika.
De vogelsoort Gastornis cf. geiselensis kennen we uit Messel van maar één bot. Oorspronkelijk was het een mysterie voor de onderzoekers, maar later werd het geïdentificeerd als het dijbeen van een gigantische vogel. In 1874 waren resten van deze vogels, behorend tot de sterkste die ooit bestaan hebben, beschreven als Diatryma gigantea. Later werden nog meer resten van deze soort gevonden in Noord-Amerika en Europa. Bijna tegelijkertijd leefden ze in beide werelddelen, wat een aanwijzing is voor een landbrug tussen beide continenten in die tijd. Hun levensstijl en dieet, maar ook hun verwantschap, waren lange tijd onderwerp van discussie. Tegenwoordig wordt Gastornis vaak ondergebracht in een eigen familie (Gastornithidae) binnen de watervogelorde Anseriformes.